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1. 中国淡水鱼类生物多样性信息数据库
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中国淡水鱼类生物多样性信息数据库的建库人为何舜平研究员，该专业数据库每条记录包括中文目名、英文目名、中文科名、英文科名、中文属名、英文属名、中文种名、英文种名、中文分布描叙、英文分布描叙、中文濒危状况描叙、英文濒危状况描叙、中文经济价值描叙、英文经济价值描叙、参考文献、生态学描叙、主要鉴别特征、染色体组型、DNA序列、图片、X光片等字段。
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2. 长江经济、特有、珍稀鱼类资源数据库
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长江经济、特有、珍稀鱼类资源数据库的建库人为常剑波研究员，该专业数据库每条记录包括学名、中文名、体长、体重、尾数、渔具名称、渔具规格、捕捞者、捕捞者属性、采集日期、时间、采样地点、气温、水温、备注、天气、船次、单船、图片、视频、经度、纬度等字段。
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3.银鲫基因资源数据库
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银鲫基因资源数据库的建库人为桂建芳研究员，该专业数据库包括基因名称、全长cDNA序列，GenBank登录号，基因数据库比较，基因组序列、GenBank登录号，二维和三维空间结构预测，糖基化和磷酸化等位点分析。
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4.中国鱼类寄生虫数据库
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中国鱼类寄生虫数据库建库人为王桂堂研究员，该数据库包括我国已报道的鱼类及其他水生动物寄生虫的种类、形态（图片）、宿主、寄生部位、地理分布及主要危害等数据。
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5.中国内陆水体底栖动物数据库
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中国内陆水体底栖动物数据库建库人为王洪铸研究员，本库记述中国内陆水体底栖动物的种类、分布与鉴别特征，并提供相关图象资料。
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6.中国湖泊、水库基本特征数据库
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中国湖泊、水库基本特征数据库建库人为蔡庆华研究员，数据库结构设置为湖泊（水库）名称中文、湖泊（水库）名称英文、所在地区中文、所在地区英文、所属流域中文、所属流域英文、湖泊（水库）类型中文、湖泊（水库）类型英文、面积、容积、岸线长度、岸线发育指数、水深、透明度、主要理化特征、流域特征、相关新闻报道、湖泊（水库）轮廓图（图像数据）、其他图件（图像数据）、参考文献等20个字段。
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7.微型生物数据库
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微型生物数据库的建库人为余育和研究员，该专业数据库每条记录包括名录显示、种类、图像、缩略图、下载图像名、站点、站点号、网站引用、等级、分类界元等字段。
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8.中国鲸类资源数据库
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中国鲸类资源数据库的建库人为王丁研究员，该专业数据库包括鲸类物种、栖息地和保护信息库。
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9.中国淡水藻类信息数据库
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中国淡水藻类信息数据库的建库人为胡征宇研究员，该专业数据库每条记录包括物种学名，分类地位，分布、标本信息、分类学描述，图片、相关文献等字段。
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10.中国淡水藻种保藏信息数据库
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中国淡水藻种保藏信息数据库的建库人为宋立荣研究员，该专业数据库每条记录包括藻种采集地、采集时间、保藏培养条件和藻种生态分布等信息。
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11.中国水生病毒图像数据库
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中国水生病毒图象数据库建库人为张奇亚研究员，该专业数据库包括水生生物病毒超微形态、病毒与宿主相互作用及其产生的病理特征等图像及相关资料。
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